2003年，经国家教育部批准，学校设置口腔医学专业，并于2006年9月招收五年制口腔医学专业本科学生。2012年4月正式成立口腔医学院,并成为黑龙江省东南部地区唯一的一表专业。2012年口腔医学专业被评为校级重点专业，2021年获批为黑龙江省一流本科专业建设点。

口腔医学专业依托牡丹江医科大学口腔医学院办学，建有13个临床实践教学基地，其中包括2所直属附属医院，6所非直属附属医院，均为三级甲等医院，目前在校生为378人。学院下设5个专业教研室，1个口腔综合实验室，开设21门口腔医学专业本科课程。口腔综合实验室建筑面积为1500余平方米，教学设备资产达1400余万元。现有专业课教师74人，其中高级职称25人，博士学位23人，硕士学位34人，师资力量雄厚。

自办学以来口腔医学院坚持“扩大交流、内外并重、务实合作、注重效果”的原则，加强与国内一流院校的交流与合作，积极借鉴学习一流大学的成功经验，努力适应教育的现代化趋势。先后与中国医科大学、哈尔滨医科大学等签署战略合作协议，在人才培养、师资建设、教育教学、科学研究等方面进行密切沟通交流，为推动口腔医学专业发展注入持续动力。

学院将全面贯彻党的教育方针，坚持社会主义办学方向，确立“育人为先，实践砺行，德术共铸，躬行致远”的办学理念。围绕健康中国战略及口腔医疗卫生事业发展需要，依据学校办学定位，以服务国家医疗卫生事业发展为宗旨，培养具备深厚的家国情怀、人文素养和医德精神，掌握口腔医学基础理论、临床技能及前沿技术，能够熟练诊治口腔常见病、多发病，并具备疾病预防与健康促进和临床思辨能力，同时具有学习意识与科学创新思维，可胜任口腔医疗和预防保健工作，兼具专业技能、实践创新能力和社会责任感的应用型口腔医学专门人才。