牡丹江医科大学药学院建于2003年，是黑龙江省东南部地区高级药学人才培养基地。药学院现有制药工程、药学和药物制剂三个本科专业，其中制药工程专业为省级一流本科建设专业，药学专业为校级重点专业。2017年，学院获得药学硕士专业学位授予权，面向全国29个省、自治区、直辖市招生。

药学院师资力量雄厚，现有教职工57人，具有博士学位教师13人，硕士学位教师34人，其中高级职称教师25人，硕士研究生导师18人。拥有黑龙江省省级教育科学研究团队、黑龙江省药学实验教学示范中心、牡丹江市北药开发实验基地、牡丹江市领军人才梯队。

在办学过程中，学院秉承“科教融合、协同创新”的理念。近5年主持承担各级各类科研项目86项，荣获黑龙江省科学技术4项，省高等学校科学技术奖3项，省医药卫生科学技术奖2项，获得授权发明专利11项。

药学院以学生为培养主体，注重“产、学、研”实习就业一体化高素质创新应用型人才的培养模式。目前学院拥有青岛大学附属医院、上海普陀区中心医院、北京甘李药业、北京四环制药和阳光诺和药业等10家实习实践医院及15家实习实践校企合作基地。毕业生考研率逐年上升，就业专业对口度、工作稳定性、职业期待吻合度、工作满意度等就业质量指标在同类本科院校和省属高校中始终名列前茅。